| Dersin Kodu | Dersin Adı | Dersin Türü | Yıl | Yarıyıl | AKTS | | Fİ127 | Moleküler Modelleme | Seçmeli | 1 | 1 | 6 |
|
| Dersin Seviyesi |
| Yüksek Lisans |
| Dersin Amacı |
| Modern elektronik yapı metotlarını tanıtmak ve moleküllerin üç boyutlu yapısını modellemek ve moleküle ait fiziksel ve kimyasal özellikleri belirlemek. |
| Dersi Veren Öğretim Görevlisi/Görevlileri |
| Dr. Öğr. Üyesi Yavuz EKİNCİOĞLU |
| Öğrenme Çıktıları |
| 1 | Hesapsal metotları kullanarak basit bir modelleme uygulaması için uygun metodu seçebilir | | 2 | Bir moleküler modelleme programını örneğin Gaussian09 paket programı, kullanabilir | | 3 | 3-boyutlu bileşikleri moleküler düzeyde gözünde canlandırabilir. | | 4 | Verilen bir molekülün konformasyonel analizini yapar | | 5 | Verilen bir molekülün kuantum kimyasal özelliklerini hesaplar |
|
| Öğrenim Türü |
| Birinci Öğretim |
| Dersin Ön Koşulu Olan Dersler |
| Yok |
| Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar |
| yok |
| Dersin İçeriği |
| Hesapsal Metotlara Giriş, Semi-empirik yöntemi, Ab- initio, DFT ve Hartree-Fock. Yöntemleri, Self consistent field yöntemi, Moleküler modelleme programlarına giriş., Modelleme programında moleküller çizme, girdi hazırlama ve programa iş verme, Moleküller arası-ve içi etkileşimler ve konformasyonel etkiler, Konformasyon Tarama
Elektrostatik Potansiyel Haritalar, yoğunluk yüzeyleri: HOMO-LUMO yüzeylerin hesaplanması, Spektroskopik özellikler., Potansiyel enerji yüzeyleri (PEY), Içsel Reaksiyon Koordinatı (IRC) yöntemi, Reaksiyon mekanizmaları modelleme, |
| Haftalık Ayrıntılı Ders İçeriği |
|
| 1 | Hesapsal Metotlara Giriş: semi-empirik, ab initio ve DFT. | | | | 2 | Hartree-Fock ve Self consistent field yöntemleri | | | | 3 | Moleküler modelleme programlarına giriş | | | | 4 | Modelleme programında moleküller çizme | | | | 5 | Program için girdiler nasıl hazırlanır ve programa nasıl iş verilir? | | | | 6 | Moleküller arası-ve içi etkileşimler ve konformasyonel etkiler, Konformasyon Tarama | | | | 7 | Uygulama: Konformasyonel Tarama | | | | 8 | Ara Sınav | | | | 9 | Uygulama: Elektrostatik potansiyel haritalar, yoğunluk yüzeyleri:HOMO-LUMO yüzeylerin hesaplanması | | | | 10 | Spektroskopik özellikler | | | | 11 | Biyomoleküllerin (proteinler, DNA-RNA) oluşturulması | | | | 12 | Potansiyel enerji yüzeyleri (PEY) ve içsel reaksiyon koordinatı (IRC) | | | | 13 | Reaksiyon mekanizmaları modelleme | | | | 14 | Genel tekrar | | | | 15 | Final sınavı | | |
|
| Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar |
| A. R. Leach, Molecular Modelling Principles and Applications, Prentice Hall Pearson Education, England |
| Planlanan Öğrenme Aktiviteleri ve Metodları |
|
| Değerlendirme | |
| Ara Sınav | 1 | 100 | | TOPLAM | 100 | |
| Final Sınavı | 1 | 100 | | TOPLAM | 100 | | Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | 40 | | Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | 60 | | TOPLAM | 100 |
| | Dersin Sunulduğu Dil | | | Staj Durumu | | yok |
|
| İş Yükü Hesaplaması |
|
| Ara Sınav | 1 | 1 | 1 |
| Final Sınavı | 1 | 2 | 2 |
| Derse Katılım | 14 | 3 | 42 |
| Ödev Problemleri için Bireysel Çalışma | 10 | 4 | 40 |
| Ara Sınav İçin Bireysel Çalışma | 13 | 1 | 13 |
| Final Sınavı içiin Bireysel Çalışma | 13 | 2 | 26 |
| Okuma | 13 | 4 | 52 |
|
| Program ve Öğrenme Çıktıları İlişkisi |
| ÖÇ1 | 2 | 1 | 4 | 3 | 2 | 2 | 3 | 3 | 4 | 4 | | ÖÇ2 | 2 | 4 | 3 | 3 | 2 | 2 | 4 | 3 | 4 | 4 | | ÖÇ3 | 4 | 3 | 4 | 3 | 2 | 2 | 2 | 3 | 3 | 4 | | ÖÇ4 | 3 | 2 | 3 | 3 | 2 | 2 | 3 | 2 | 3 | 4 | | ÖÇ5 | 2 | 5 | 3 | 3 | 2 | 2 | 4 | 3 | 3 | 4 |
|
| * Katkı Düzeyi : 1 Çok düşük 2 Düşük 3 Orta 4 Yüksek 5 Çok yüksek |
 |
| |